Les relations diplomatiques entre la République gabonaise et l’Ordre Souverain Militaire de Malte ont été établies en 1963.
Le 18 février 1972, la Légation de l’Ordre de Malte au Gabon a été reclassée au rang d’Ambassade. La même année, du 3 au 8 mars, le Grand Maître de l’Ordre de Malte Fra’ Angelo de Mojana di Cologna s’est rendu au Gabon pour une visite officielle.

En novembre de l’année suivante, le Président de la République gabonaise Albert Bernard Bongo est reçu par le Grand Maître Fra’ Angelo de Mojana au Palais Magistral. Le 7 novembre 1981, le Président Omar Bongo s’est rendu à Rome pour sa seconde visite officielle.

Un accord postal bilatéral entre le Gabon et l’Ordre de Malte avait été signé en 1987.

Le 9 décembre 2009, le Président du Gabon Ali Ben Bongo Ondimba a reçu à l’Hôtel Hassler à Rome une délégation de l’Ordre de Malte dirigée par le Grand Chancelier, Jean-Pierre Mazery. Au cours de la rencontre, le Président Ondimba a exprimé sa satisfaction pour le travail humanitaire accompli par l’Ordre.

Le 24 novembre 2016, au Palais Magistral à Rome, le Grand Chancelier Albrecht Boeselager a reçu en visite le ministre délégué aux Affaires étrangères de la République du Gabon, Calixte Nsie Edang. Au cours des pourparlers, un accord-cadre a été signé dans le domaine de la coopération. Un précédent accord, plus technique, avait été signé en 1962 pour la lutte contre la lèpre (validité : 15 ans).